Союз антропологии и популяционной генетики

Аннотация

Введение. Российская популяционная генетика человека выросла в недрах антропологии. Но постепенно бурно развивающиеся технологии генетики стали создавать проблемы во взаимопонимании этих наук. В надежде, что это поможет укрепить давний союз антропологии и генетики, в работе предпринята попытка конкретизировать: особенности признаков, с которыми работает генетика; вопросы репрезентативности выборок для столь разных генетических признаков; специфику применения в генетике тех методов, с которыми работают обе науки. Но главное внимание уделено методу предковых компонент ADMIXTURE, хорошо известному палеоантропологам, привлекающим данные палеогенетики.

Результаты и обсуждение. В работе показано, насколько эти методы полезны в этнической антропологии современного населения. Приведены примеры анализа и главных компонент, и предковых компонент для разных регионов (Русский Север, Дальний Восток, Северная Евразия) и для решения разных задач. Метод ADMIXTURE может дать варианты количественной оценки для вклада расово-антропологических комплексов разного иерархического уровня, причем количественная оценка основана на данных об огромном массиве независимых генетических маркеров.

Заключение. Конечно же, рассмотрена лишь малая часть обширной области взаимодействия антропологии и генетики. Но если эта попытка поможет взаимной заинтересованности генетиков и антропологов в совместных исследованиях, то задачу данной работы можно считать решенной.

Литература

Айвазян С.А., Бухштабер В.М., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д. Прикладная статистика. Классификация и снижение размерности: Справочное издание. М.: Финансы и статистика. 1989. 606 с. ISBN: 527900054X.

Балановская Е.В., Потанина А.Ю., Кошель С.М., Адамов Д.С., Борисова А.Л., с соавт. Технология оценки частот ДНК-маркеров в многонациональных административных единицах по данным о коренном народонаселении в связи с заболеваемостью (на примере кардиоваскулярных заболеваний) // Кардиоваскулярная терапия и профилактика, 2024. (В печати).

Балановская Е.В., Черневский Д.К., Балановский О.П. Своеобразие Новгородского генофонда в контексте народонаселения европейской части России // Вестник Новгородского государственного университета. Сер.: Медицинские науки, 2021. № 3. С. 51–57. DOI: 10.34680/2076-8052.2021.3(124).51-57.

Козлов А.И., Пылев В.Ю., Вершубская Г.Г., Балановская Е.В. Клинальная изменчивость генетических детерминант трегалазной недостаточности в популяциях Южной Сибири, Казахстана, Центральной Азии и Монголии // Вестник Московского университета. Серия 23. Антропология, 2023. № 3. С. 63–71. DOI: 10.32521/2074-8132.2023.3.063-071.

Курбатова О.Л., Грачева А.С., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г. Генетико-демографические параметры населения г. Москвы. Миграционные процессы // Генетика, 2021. Вып. 56. № 12. С. 1438–1449. DOI: 10.31857/S0016675821120080

Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Веремейчик В.М., Прудникова А.С., Атраментова Л.А., с соавт. Особенности генетико-демографических процессов в населении трех мегаполисов в связи с проблемой создания генетических баз данных // Генетика, 2013. Вып. 49. № 4. С. 513. DOI: 10.7868/S0016675813040085

Удина И. Г., Грачева А.С., Курбатова О.Л. Частоты гаплогрупп Y-хромосомы и процессы миграции в трех поколениях жителей Москвы // Генетика, 2022. Вып. 58. № 11. С. 1325–1333. DOI: 10.31857/S001667582110121.

Alexander D.H., Shringarpure S.S., John Novembre J., Lange K. Admixture 1.3 Software Manual. 2015. https://vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/admixture/admixture-manual.pdf (Accessed 20.09.2024).

Alexander D.H., Shringarpure S.S., John Novembre J., Lange K. Admixture 1.3 Software Manual. 2020. Available at: http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf (Accessed 20.09.2024).

Dormann C.F., Elith J., Bacher S., Buchmann C., Carl G., et al. Collinearity: a review of methods to deal with it and a simulation study evaluating their performance. Ecography, 2013, 36 (1), pp. 27–46. DOI: 10.1111/j.1600-0587.2012.07348.

Mirkes E.M., Allohibi J., Gorban A. Fractional Norms and Quasinorms Do Not Help to Overcome the Curse of Dimensionality. Entropy, 2020, 22 (10), pp.1105. DOI: 10.3390/e22101105.

Nei M., Roychoudhury A.K. Sampling variances of heterozygosity and genetic distance. Genetics, 1974, 76 (2), pp. 379–390. DOI: 10.1093/genetics/76.2.379. 

Rasmussen M., Li Y., Lindgreen S., Pedersen J., Albrechtsen A., et al. Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo. Nature, 2010, 463, pp. 757–762. DOI: 10.1038/nature08835.

Tambets K., Yunusbayev B., Hudjashov G., Ilumäe A.M., Rootsi S., et al. Genes reveal traces of common recent demographic history for most of the Uralic-speaking populations. Genome Biol., 2018, 19 (1), pp. 139. DOI: 10.1186/s13059-018-1522-1.

Yunusbayev B., Metspalu M., Metspalu E., Valeev A., Litvinov S., et al. The Genetic Legacy of the Expansion of Turkic-Speaking Nomads across Eurasia. PLoS Genet., 2015, 11 (4), pp. e1005068. DOI: 10.1371/journal.pgen.1005068.