Геномный анализ индивида из половецкого погребения курганного могильника «Красный IV» (Ростовская область)

Аннотация

Введение. Формирование исторического ландшафта евразийских степей в домонгольский период Древней Руси происходило при определяющей роли половцев, обусловленной их демографическим доминированием на этой территории. Несмотря на историческую и археологическую изученность этой эпохи, вопросы, связанные с происхождением половцев, остаются нерешенными. Их прояснение является принципиально важным для реконструкции таких процессов, как происхождение половецких групп, их миграций, а также характера и степени их взаимодействия с другими народами. В данной работе представлены результаты геномного анализа и краниометрическая характеристика женщины, которая, судя по погребальному инвентарю, принадлежала к верхушке половецкого сообщества.

Материалы и методы. Материалом для настоящего исследования послужили скелетные останки женщины, происходящие из погребения, обнаруженного при раскопках курганного могильника «Красный IV» и датируемого XII–XIII вв. н.э. ДНК, выделенная из фрагмента каменистой части височной кости, была использована для полногеномного секвенирования и последующего генетического анализа.

Результаты. В результате проведенного исследования было установлено, что скелетные останки в погребении 3 кургана 16 могильника «Красный IV» принадлежат женщине 25–35 лет. Целостность черепной коробки позволила провести краниометрическое исследование, в результате которого было установлено смешанное европеоидно-монголоидное происхождение изучаемой женщины. Анализ данных полногеномного секвенирования ДНК и применение популяционно-генетических методов показали генетическое сходство исследуемого индивида с кочевыми средневековыми степными группами, включая ранних авар (VI–VIII вв.) и средневековое население с территории Монголии. Кроме того, было обнаружено, что митохондриальная ДНК женщины принадлежит западно-евразийской гаплогруппе T1a5.

Заключение. Нами получены результаты полногеномного анализа представительницы элитной группы половецкого общества с территории Нижнего Дона XII–XIII вв. Новые данные свидетельствуют о генетических связях половцев с популяциями Центральной Азии, а также демонстрируют значительную долю восточного генетического субстрата у исследованной женщины из элитного половецкого погребения Нижнего Дона XII–XIII вв. Даже единичное, но комплексно изученное погребение существенно дополняет картину генетического ландшафта степного региона Западной Евразии накануне монгольского нашествия. Данная работа вносит вклад в реконструкцию генофонда местного населения и подтверждает тесные исторические связи европейских степей с глубинными регионами Азии в домонгольский период.

Финансирование. Работа была поддержана грантом по государственной программе федеральной территории «Сириус» «Палеогенетика Краснодарского края», соглашение № 18-03 от 10.09.2024, код проекта GEN-BFT-2407 (X.С.Е., З.А.Р., Р.Е.В., М.А.Д., А.Т.В.).

Приложение размещено по ссылке

Литература

Алексеев В.П. Остеометрия: Методика антропологических исследований. М.: Наука. 1966. 252 с.

Алексеев В., Дебец Г. Краниометрия. Методика антропологических исследований. М.: Наука. 1964. 128 с.

Андреева Т.В., Малярчук А.Б., Сошкина А.Д., Дудко Н.А., Плотникова М.Ю. с соавт. Методологии выделения древней ДНК из костной ткани для геномного анализа: подходы и практические рекомендации. Генетика, 2022, 58 (9), с. 979–998. https://doi.org/10.31857/S001667582209003X

Губриенко П.С. Проблема социальной и имущественной стратификации кочевников IX–XIV вв. по археологическим источникам: историографический аспект. Вестник Омского университета. Серия «Исторические науки», 2019, 1 (21), с. 182–188. https://doi.org/10.25513/2312-1300.2019.1.182-188

Дебец Г.Ф. К унификации краниологических исследований. Антропологический журнал, 1935. № 1-2, с. 118–124.

Евглевский А.В. Семантика распрямленных гривен в контексте погребального обряда кочевников Восточной Европы XII-XIV вв. Археологический альманах, 1998. Вып. 7, с. 141–156.

Науменко С.А., Власкин М.В. Исследования курганного могильника Красный IV. Археологические открытия 2007 года, 2010. с. 300–302.

Плетнева С.А. Половцы. М.: Наука. 1990. 208 с. ISBN 5-02-0095112-7.

Потемкина Т.М. Иерархия половецкой знати (по погребениям со статусными предметами). Степи Европы в эпоху средневековья, 2012. Вып. 10, с. 7–36.

Потемкина Т.М. Социокультурный аспект женских половецких погребений со статусными предметами. Донецкий археологический сборник, 2010. Вып. 14, с. 135–144.

Шалобудов В.Н. Еще раз о находках распрямленных гривен в половецких погребениях. Исследования по археологии Поднепровья, 1990, с. 107–119.

Andreeva T.V., Manakhov A.D., Gusev F.E., Patrikeev A.D., Golovanova L.V. et al. Genomic analysis of a novel Neanderthal from Mezmaiskaya Cave provides insights into the genetic relationships of Middle Palaeolithic populations. Scientific Reports, 2022, 12, 13016. https://doi.org/10.1038/s41598-022-16164-9

Andrews R.M., Kubacka I., Chinnery P.F., Lightowlers R.N., Turnbull D.M. et al. Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. Nature Genetics, 1999, 23 (2), p. 147. https://doi.org/10.1038/13779

Damgaard P. de B., Marchi N., Rasmussen S., Peyrot M., Renaud G. et al. 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes. Nature, 2018, 557 (7705), pp. 369–374. https://doi.org/10.1038/s41586-018-0094-2

Ehler E., Novotný J., Juras A., Chylenski M., Moravcík O. et al. AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research, 2019, 47 (D1), pp. 29–32. https://doi.org/10.1093/nar/gky843

Eltsov N., Volodko N. MtPhyl: Software tool for human mtDNA analysis and phylogeny reconstruction. 2016.

FamilyTreeDNA. https://www.familytreedna.com/. Accessed 17.12.2025.

Flegontov P., Altınışık N.E., Changmai P., Rohland N., Mallick S. et al. Palaeo-Eskimo genetic ancestry and the peopling of Chukotka and North America. Nature, 2019, 570 (7760), pp. 236–240. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1251-y

Gansauge M.-T., Gerber T., Glocke I., Korlevic P., Lippik L. et al. Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase. Nucleic Acids Research, 2017, 45 (10), e79. https://doi.org/10.1093/nar/gkx033

Gnecchi-Ruscone G.A., Rácz Z., Samu L., Szeniczey T., Faragó N. et al. Network of large pedigrees reveals social practices of Avar communities. Nature, 2024, 629 (8011), pp. 376–383. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07312-4

Gnecchi-Ruscone G.A., Szécsényi-Nagy A., Koncz I., Csiky G., Rácz Z. et al. Ancient genomes reveal origin and rapid trans-Eurasian migration of 7th century Avar elites. Cell, 2022, 185 (8), pp. 1402-1413.e21. https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.03.007

HaploTree. Available at: https://haplotree.info/home/. Accessed 17.12.2025.

Jeong C., Wang K., Wilkin S., Taylor W.T.T., Miller B.K. et al. A Dynamic 6,000-Year Genetic History of Eurasia’s Eastern Steppe. Cell, 2020, 183 (4), pp. 890-904.e29. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.015

Jónsson H., Ginolhac A., Schubert M., Johnson P.L.F., Orlando L. mapDamage2.0: fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters. Bioinformatics, 2013, 29 (13), pp. 1682–1684. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt193

Kumar V., Wang W., Zhang J., Wang Y., Ruan Q. et al. Bronze and Iron Age population movements underlie Xinjiang population history. Science, 2022, 376 (6588), pp. 62–69. https://doi.org/10.1126/science.abk1534

Lazaridis I., Alpaslan-Roodenberg S., Acar A., Açıkkol A., Agelarakis A. et al. The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe. Science, 2022, 377 (6609), eabm4247. https://doi.org/10.1126/science.abm4247

Lazaridis I., Nadel D., Rollefson G., Merrett D.C., Rohland N. et al. Genomic insights into the origin of farming in the ancient Near East. Nature, 2016, 536 (7617), pp. 419–424. https://doi.org/10.1038/nature19310

Lazaridis I., Patterson N., Mittnik A., Renaud G., Mallick S. et al. Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans. Nature, 2014, 513 (7518), pp. 409–413. https://doi.org/10.1038/nature13673

Lee J., Sato T., Tajima A., Amgalantugs T., Tsogtbaatar B. et al. Medieval genomes from eastern Mongolia share a stable genetic profile over a millennium. Human Population Genetics and Genomics, 2024, 4 (1). https://doi.org/10.47248/hpgg2404010004

Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics, 2009, 25 (14), pp. 1754–1760. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324

Mallick S., Micco A., Mah M., Ringbauer H., Lazaridis I. et al. The Allen Ancient DNA Resource (AADR) a curated compendium of ancient human genomes. Scientific Data, 2024, 11 (1), 182. https://doi.org/10.1038/s41597-024-03031-7

Maróti Z., Neparáczki E., Schütz O., Maár K., Varga G.I.B. et al. The genetic origin of Huns, Avars, and conquering Hungarians. Current Biology, 2022, 32 (13), pp. 2858-2870.e7. https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.04.093

Martin R. Lehrbuch der anthropologie in systematischer darstellung mit besonderer berücksichtigung der anthropologischen methoden für studierende ärtze und forschungsreisende. Bd. 2. Jena, G. Fischer Publ., 1928. 1196 p.

Mouttham N., Klunk J., Kuch M., Fourney R., Poinar H. Surveying the repair of ancient DNA from bones via high-throughput sequencing. BioTechniques, 2015, 59 (1), pp. 19–25. https://doi.org/10.2144/000114307

Nikitin A.G., Lazaridis I., Patterson N., Ivanova S., Videiko M. et al. A genomic history of the North Pontic Region from the Neolithic to the Bronze Age. Nature, 2025, 639 (8053), pp. 124–131. https://doi.org/10.1038/s41586-024-08372-2

Pala M., Olivieri A., Achilli A., Accetturo M., Metspalu E. et al. Mitochondrial DNA signals of late glacial recolonization of Europe from near eastern refugia. American Journal of Human Genetics, 2012, 90 (5), pp. 915–924. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2012.04.003

Patterson N., Moorjani P., Luo Y., Mallick S., Rohland N. et al. Ancient admixture in human history. Genetics, 2012, 192 (3), pp. 1065–1093. https://doi.org/10.1534/genetics.112.145037

Patterson N., Price A.L., Reich D. Population structure and eigenanalysis. PLoS Genetics, 2006, 2 (12), e190. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020190

Peltola S., Majander K., Makarov N., Dobrovolskaya M., Nordqvist K. et al. Genetic admixture and language shift in the medieval Volga-Oka interfluve. Current Biology, 2023, 33 (1), pp. 174-182.e10. https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.11.036

Petr M., Pääbo S., Kelso J., Vernot B. Limits of long-term selection against Neandertal introgression. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, 116 (5), pp. 1639–1644. https://doi.org/10.1073/pnas.1814338116

Picard Tools Available at: http://broadinstitute.github.io/picard/ Accessed 12.12.2025.

Renaud G., Slon V., Duggan A.T., Kelso J. Schmutzi: estimation of contamination and endogenous mitochondrial consensus calling for ancient DNA. Genome Biology, 2015, 16 (1), 224. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0776-0

Saag L., Utevska O., Zadnikov S., Shramko I., Gorbenko K. et al. North Pontic crossroads: Mobility in Ukraine from the Bronze Age to the early modern period. Science Advances, 2025, 11 (6), eadr0695. https://doi.org/10.1126/sciadv.adr0695

Schönherr S., Weissensteiner H., Kronenberg F., Forer L. Haplogrep 3 – an interactive haplogroup classification and analysis platform. Nucleic Acids Research, 2023, 51 (W1), pp. 263–268. https://doi.org/10.1093/nar/gkad284

Schubert M., Ginolhac A., Lindgreen S., Thompson J.F., AL-Rasheid K.A. et al. Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes. BMC Genomics, 2012, 13 (1), 178. https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-178

Schubert M., Lindgreen S., Orlando L. AdapterRemoval v2: rapid adapter trimming, identification, and read merging. BMC Research Notes, 2016, 9 (1), 88. https://doi.org/10.1186/s13104-016-1900-2

Schuenemann V.J., Peltzer A., Welte B., Van Pelt W.P., Molak M. et al. Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods. Nature Communications, 2017, 8 (1), 15694. https://doi.org/10.1038/ncomms15694

van Oven M., Kayser M. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Human Mutation, 2009, 30 (2), pp. E386–E394. https://doi.org/10.1002/humu.20921

Wang C.-C., Yeh H.-Y., Popov A.N., Zhang H.-Q., Matsumura H. et al. Genomic insights into the formation of human populations in East Asia. Nature, 2021, 591 (7850), pp. 413–419. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03336-2

YFull. Available at: https://www.yfull.com/. Accessed 05.12.2025.

Youn M., Kim J.C., Kim H.K., Tumen D., Navaan D. et al. Dating the Tavan Tolgoi Site, Mongolia: Burials of the Nobility from Genghis Khan’s Era. Radiocarbon, 2007, 49 (2), pp. 685–691. https://doi.org/10.1017/S0033822200042570